今日移植を行いましたが、移植後のチェックで、チューブの中に胚が残っていると言われやり直しをしました。先生には妊娠率に影響はないと言われたのですが、胚に傷がついたり、着床後に赤ちゃんになんらかの影響が出ることはありますか？

移植の際に、カテーテルに胚が戻ってきてしまうという現象はどうしても起きてしまいます。
原因はよくわかりませんが移植者（医師、培養士ともに）によるものか、カテーテルの不備が考えられます。
個人的には、戻ってくるというよりもカテーテルから出ていかなかったのではないか？と思っています。

頻度は稀で、およそ1000回に1回くらいだと思います。

胚へのダメージに関しては、通常よりも体外にいる時間が長く、温度やpHなどが最適ではない状態に曝されるため少なからずあると思います。また、カテーテルで吸ったり吐いたりされたことによる物理的なダメージも否定できないため、着床率の低下の可能性はありえると思います。

しかし、着床して体内で発生すれば、移植が原因による流産や、産まれてきた赤ちゃんに何かしらの悪影響や障害が起きる可能性は、あまりないと考えられます。